Il n'y a pas beaucoup de lignes de métro dans Gotham, la plupart ayant été construite il y a assez peu de temps par Wayne Entreprise. Ces lignes traversent les différents quartiers de la ville mais ne traversent les rivières que sur des portions aériennes et non-souterraines. Bien qu'assez récent, le métro n'en reste pas moins un coupe-gorge effroyable, principalement les parties souterraines. Le métro aérien est plus serein mais n'en reste pas moins assez peu rassurant. La seule portion traversant les iles à se trouver souterraines se trouve sur la Green Line, entre Belcom et Sansom.

Les égouts de la ville sont remplis de rats, de déchets pas toujours très nets et de sans-abris prêts à tout pour une petite pièce ou un truc à manger. C'est sale et puant mais il y a un grand nombre de personnes qui vivent dans ces tunnels, des criminels, des sans-abris, des exilés...On trouve beaucoup de ramifications dans les tunnels des égouts, parfois très larges et hauts, parfois si petits qu'il faut s'y tenir à genoux. Certaines portions se fondent dans les anciennes catacombes et les autres tunnels en service.

Les catacombes de Gotham ont été construites il y a des siècles, lors de sa fondation, elles sont aujourd'hui officiellement désaffectées et peu en connaissent encore l'existence. Cependant, elles joignent en de nombreux endroits les égouts de la ville, par des canalisations très vieilles. Dans les catacombes, personne ne sait trop ce qui se passe, mais on raconte que des choses mystiques s'y passent, les sans-abris n'osent pas trop s'y aventurer et il n'y a que les audacieux pour tenter de les explorer.

Pour quitter la ville, on dénombre en tout est pour tout quatre tunnels sous-marins qui rejoignent le continent, certains permettent aux voitures de circuler, d'autres privilégient les trains en majorité. Deux tunnels font se rejoindre Downtown et le continent : le Peterson Railroad Tunnel qui ne fait circuler que des trains et le Hovick Tunnel où les voitures peuvent passer sans problème. Un tunnel permet à Midtown de rejoindre le continent : le Brown Railroad Tunnel qui possède majoritairement des lignes ferroviaires mais permet une circulation minime pour voitures. Et un tunnel joint Uptown au Continent : Gotham County Underwater Railroad Tunnel qui laisse voitures et trains circuler très librement, c'est le plus grand tunnel sous-marin de tout Gotham.

De nombreux tunnels de la ville ont été oblitérés mais ça n'empêche pas les sans-abris et les criminels de s'y rendre quand même après les avoir dégagés. Notamment, c'est dans ces anciens tunnels abandonnés que l'on trouve le prolifique marché noir de Gotham, où l'on dit que l'on peut presque tout se procurer. C'est dangereux et, étrangement, aucune des mafias n'a la main mise sur cette zone, les criminels se débrouillent entre eux pour cela, même si Falcone et Maroni n'hésitent pas à s'y fournir ou à convoiter la tête de ce marché noir.

A Gotham, on trouve de nombreuses galeries datant de l'époque de la fondation de la ville qui servent à évacuer les eaux de pluies des profondeurs. Ces tunnels sont mortellement dangereux : si les pluies ont été intenses, ces tunnels peuvent vite se transformer en torrents et tout emporter sur leur passage avec force. Beaucoup de jeunes désœuvrés s'y rendent pour faire des rave, s'amuser et oublier le quotidien à Gotham, à leurs risques et périls.

Les ponts se trouvent également dans le sous-forum underground par souci de commodité. Ces ponts, au nombre de vingt, permettent non seulement de rejoindre le continent depuis la ville mais également de permettre le passage entre les différentes iles de la ville. Quelques dix-sept ponts permettent de se déplacer entre les diverses iles de Gotham, parmi eux, les plus notables sont le Sprange Bridge (reliant Uptown à Midtown) et Aparo Expressway (sur lequel passe le périphérique est). Les ponts reliant le continent et la ville sont Vincefinkel Bridge à Downtown, New Trigate Bridge sur l'ile d'Arkham et Robert Kane Memorial Bridge à Uptown.